Durante las investigaciones del Ministerio Público se comprobó que diez millones de dólares fueron a parar a las cuentas del conservador partido Alianza Republicana Nacionalista (Arena), que lo llevó a la presidencia, y el resto se desvío a beneficio del expresidente.

Con su muerte se extinguió la responsabilidad penal, pero no la obligación civil, por lo que la Fiscalía continúo el proceso y en junio de 2017 aseguró nueve propiedades de Flores que ahora podría tomar el gobierno.

La Fiscalía aseguró contar con los documentos que comprueban el desvío de los fondos de Taiwán, mientras que el abogado del exmandatario, Edgar Morales Joya, aseguró que “no existe ningún documento que mencione que Francisco Flores tiene relación con esos proyectos”.

El defensor dijo que al Tribunal Quinto de Sentencia de San Salvador le toca decidir si absuelve o si condena con base a los elementos probatorios ofertados por la Fiscalía, pero que “el único documentos presentado es una copia que no está firmada y no está autenticada”. Es decir, según el abogado, no existe ninguna prueba contra el exmandatario.