En el 1561 el boticario Andrés Acevedo solicitó al Cabildo la autorización para ejercer como tal, y hubo que nombrar a un médico y a un boticario para que le examinaran y extendieran la autorización. Hacia 1570 se tienen noticias de que Antonio de Ulloa solicitó autorización para ejercer como protomédico, pero esta autorización no llegó a concretarse.
El Tribunal del Protomedicato también regulaba los contratos de las relaciones entre médicos y pacientes y establecía la cantidad a pagar por tratamiento y honorarios. En caso que el paciente no pudiera asumir dichos costos, el médico estaba autorizado a rescindir el contrato. Además, el tribunal concedía a los médicos potestad para vender medicinas a los pacientes, lo que les reportaba importantes beneficios.
En 1579 se institucionaliza el Protomedicato con una Pragmática dictada por el Rey Felipe II que lo reforma en múltiples aspectos y la implanta en el Nuevo Mundo: “Deseamos que nuestros vasallos gocen de larga vida y se conserven en perfecta salud. Tenemos a nuestro cuidado proveerlos de médicos y maestros que los enseñen y curen en sus enfermedades, y a este fin se han fundado cátedras de medicina y filosofía en las universidades más principales de las Indias”. Los protomedicatos más importantes fueron los de México y La Habana. Luego de la promulgación de la reforma de Felipe II, se estableció un importante Tribunal Central en la Nueva España, México.
Hernando de Sepúlveda asumió el protomedicato tras Pedro Rodríguez, pero no fue bien recibido por la población. El protomedicato regulaba lo que cobraban los médicos, que eran unos 50,000 maravedíes al año, aunque Álvarez Chanca había solicitado en varias ocasiones que era insuficiente y debía aumentarse a 200,000 maravedís. Los farmacéuticos recibían unos 20,000 maravedíes anualmente. Las profesiones médicas, desde el inicio de la conquista eran motivo de control y supervisión de las autoridades pues eran profesiones rentables por la posibilidad de los médicos de vender directamente a los pacientes los medicamentos.
Durante los siglos XVI y XVII, sólo existía en la isla el Protomedicato Edil, solo los ayuntamientos tenían la facultad de autorizar el ejercicio de las profesiones médicas. En 1606 ocupó la plaza de protomédico el lic. Juan Rodrìguez de la Vega. En 1687 ocupaba el protomedicato el doctor Fernando Díaz y Leyba, quien impartía la Catedra Prima en la Universidad Primada. Para 1699 y de acuerdo al reporte que hizo Haro Monterroso, nadie estaba ocupando la posición de Protomédico, y su función estaba a cargo del Edil del Ayuntamiento. En 1743, fungía como protomédico el bachiller Manuel de Herrera.
Así transcurrieron 200 años del Protomedicato hasta 1795, primero con la cesión de España a Francia de la parte Este de la isla, hasta ese momento colonia española, lo que se conoció como la Era de Francia, con la consiguiente fuga de las familias pudientes y cultas de la colonia española hacia destinos más seguros, y segundo, con la posterior ocupación de una Haití liberada e independiente de Francia, en 1822, la Era Haitiana, que duraría hasta 1844. La ocupación haitiana dificultó la formación y el ejercicio de las profesiones e implantó El Juro Médico.
