El 8 de diciembre de 1865, Buenaventura Báez retornó a la presidencia de la República. El discurso del presidente de la Asamblea Nacional, sacerdote Fernando Arturo de Meriño, no le agradó. Al poco tiempo lo mandó al exilio.
Advirtió a Báez que debía servir al país y enfrentar los males que afectan a la Nación. “La moralidad es la base inalterable del bien público y sin ella la prosperidad de la Nación es una quimera”. Y como dijo un orador norteamericano: “Tan fácil es pasar del destierro al solio, como del solio a la barra del Senado”.
Con el acto de juramentación, la Nación dijo que “de hoy en adelante es la ley la que tendrá el supremo dominio, y desde el más encumbrado ciudadano hasta el último, todos estarán sometidos a su imperio”. Pensaba que gobernar un país “es servir sus intereses con rectitud y fidelidad; hacer que la ley impere igualmente sobre todos los ciudadanos…”.
También lanzó fuertes críticas a los tránsfugas de la política y proclamó que sólo aspiran a medrar, estimulados por una sed hipócrita de innoble ambición. Creía que sólo el interés de servir a la patria podía levantarla del estado de postración en que a su juicio se encontraba el 8 de diciembre de 1865.
Báez retornó al poder luego de que uno de sus seguidores, el general Pedro Guillermo, encabezó un movimiento que derrocó el gobierno del presidente José María Cabral, a quien obligó a renunciar el 15 de noviembre de 1865. Tras el hecho, Guillermo asumió el gobierno en espera de que Báez regresara del exilio en Curazao. Cabral había sido juramentado luego que derrocó en agosto de 1865 al presidente Antonio Pimentel. Al poco tiempo estalló un movimiento conspirativo en la región Este dirigido por el general Guillermo, quien exigía que Cabral renunciara para dar paso al expresidente Báez. El 15 de noviembre las tropas del general Guillermo rodearon la ciudad de Santo Domingo y en esa circunstancia se produjo la renuncia del presidente Cabral. Para posibilitar la entrega del gobierno a Báez, la Constitución de la República fue modificada y tomó posesión el 8 de diciembre de 1865.
El Congreso, a petición de Báez, aprobó que se restaurara la Constitución de diciembre de 1854, que otorgaba amplios poderes al mandatario. La nueva gestión de Báez estuvo matizada por la inestabilidad hasta que fue derrocado por el líder restaurador Gregorio Luperón el 28 de mayo de 1866. Los restauradores del Cibao acusaban a Báez de haberlo traicionado. El día de la toma de posesión el sacerdote De Meriño indicó a Báez el camino que conduce a la estabilidad, pero el político no entendió su tiempo.
