El día 9 de febrero de 1822 hizo su entrada a la Ciudad de Santo Domingo el presidente de la República de Haití, general Jean Pierre Boyer, iniciando así el período de la Dominación Haitiana, que bajo su mando se prolongó a 1843. Tras el derrocamiento del régimen dictatorial del Presidente Boyer, el día 13 de marzo de 1843, perpetrado por el Movimiento de la Reforma encabezado militarmente por el general Charles Riviere Herard, aquí en Santo Domingo se supo de la caída de Boyer once días después, es decir, el 24 del mismo mes y año, el principal representante del movimiento triunfante en la Ciudad Colonial de Santo Domingo fue el general Henry Etienne Desgrotte. Continuando la Dominación Haitiana de la Parte Oriental de la isla antes Española o de Santo Domingo, ahora bajo el mando de Riviere, producto del Movimiento de la Reforma.
Inmediatamente, surgieron varios movimientos separatistas en la Parte Oriental, tales como el de Las Matas de Farfán, de tendencia pro-inglesa, dirigido por Francisco Pimentel, el de Azua, encabezado por Buenaventura Báez, Manuel María Valencia, Juan Nepomuceno Tejera y Tejada y otros, de orientación francesa, por eso los llamaron afrancesados; el de Puerto Plata, capitaneado por el señor Antonio López Villanueva, con orientación pro-española, secundado en Santo Domingo por los sacerdotes Gaspar Hernández y Pedro Pamies; el de Santo Domingo, que dirigía el coronel Juan Pablo Duarte, había quedado acéfalo con su salida junto a Juan Isidro Pérez y Pedro Alejandrino Pina, el día 2 de agosto de 1843, ese movimiento se dividió en dos, uno dirigido por Sánchez y Vicente Celestino Duarte, el otro por Ramón Mella. Tomás Bobadilla Briones, también encabezaba el Movimiento Unionista Separatista, al que todos los otros se aliaron y refrendaron con sus firmas el Manifiesto del 16 de enero de 1844, de su autoría.
Tomás Bobadilla Briones unificó a los duartistas entre sí, antes divididos, encabezó a los Conservadores que se habían quedado sin Manuel Joaquín Delmonte, su cabecilla, pues se había ido con Herard, de asesor de su gobierno por su condición de aliado de la Reforma, al igual que los duartistas. Bobadilla convocó a unos y a otros para la Puerta de la Misericordia la noche del 27 de febrero y después del trabucazo de Mella, fue idea de Bobadilla iniciar la Revolución de la Independencia por La Puerta del Conde. Llegados al Baluarte del Conde Bobadilla exclamó: Separación, Dios, Patria y Libertad, que es su segunda forma de proclamar la Independencia, ya lo había hecho por escrito mediante el Manifiesto del 16 de enero de 1844.
En la madrugada del 28, se supo en La Puerta del Conde que en Monte Grande se habían amotinado unos afrodescendientes, contra la Independencia, porque creían que volvería la esclavitud, Bobadilla junto a Manuel Jimenes, Carlos Moreno y otros, es decir, el Gobierno, se trasladó inmediatamente para allá, ya en el sitio Bobadilla le dijo a Santiago Basora: “La Manifestación del 16 de enero consagra que en la nueva República Dominicana no habrá esclavitud, yo te lo reitero personalmente y te prometo dar el decreto de abolición tan pronto crucemos el río. Bobadilla regresó acompañado con Santiago Basora y sus antes amotinados montegrandinos y con ellos constituyó el Batallón Africano y los integró al combate por la Independencia. Hasta ahora no se ha valorado esa acción mediante la cual Bobadilla evitó a la República naciente a la lucha en el frente interno, al momento que tenía que enfrentar las invasiones haitianas.
El mismo día, después de las 10:00 am, Tomás Bobadilla Briones, en su calidad de Presidente de la Junta Central Gubernativa, el primer Gobierno dominicano, se encargó de las negociaciones para la salida del último Gobernador haitiano en Santo Domingo el General Desgrotte y sus acompañantes, las cuales concluyeron con la segunda capitulación del día logradas ambas por el Presidente Bobadilla sin derramamiento de sangre.
Tomás Bobadilla Briones logró dos capitulaciones el mismo día 28 de febrero de 1844.
El día 29 de febrero se marcharon los haitianos, como se había convenido el día anterior, liderados por el general Desgrotte, ese día bajo el mandato del Presidente Bobadilla Briones, nace el Estado nuevo en América llamado República Dominicana, nace la nacionalidad dominicana, habíamos dejado de ser jurídicamente haitianos; quedándole al Presidente la responsabilidad de organizar y ordenar el nuevo Estado.
La presidencia de Bobadilla fue la que creó el Ejército Dominicano y también creó la Marina, para defendernos de las invasiones haitianas y además para establecer la frontera, que en esos tiempos incluía cuatro pueblos españoles llamados San Rafael, San Miguel, Hincha y Las Caobas, las que abarcaban más de 4,000 km2, eran comunidades tan importantes que una tenía una Baronía y cada una tenía representante en La Constituyente de San Cristóbal.
